Kanalizacioni sitsem Grada je gravitacioni i čini ga više od 750 km kanala različitih profila od 150 - 2000 mm različitih namjena (fekalni, kišni i mješoviti). Poseban poticaj za razvoj kanalizacionog sistema vezan je za realizaciju Medjunarodnog kredita Svjetske banke za obnovu i razvoj (1977-1982.g.) Tom prilikom usvojen je separatni sistem, kao i opredjeljenje da se u narednom periodu sve rekonstrukcije i razvoj kanalizacione mreže realiziraju kao separatni sistem.

Novim sistemom kanalizacionih kolektora postavljene su osnove savremene gradske odvodnje. Otpadne vode odvode se prema uredjaju za prečišćavanje, a kišne u vodotoke. Postrojenje za prečišćavanje otpadnih voda (od početka rata 1992.g. izvan je funkcije), a locirano je kod ušća r.Miljacke u r.Bosnu. Kapacitet postrojenja je izgradjen za 600.000 ekvivalentnih stanovnika u I fazi, odnosno 900.000 u II fazi.